An jedem 3. Sonntag im Monat findet ein so genannter Zönakel-Gottesdienst am Sonntagnachmittag um 14.30 Uhr statt.
Der marianische Gottesdienst mit feierlichem Rosenkranz und nachfolgender Eucharistiefeier wird gefeiert in Anlehnung an jene biblische Begebenheit , bei der nach der Himmelfahrt Jesu die Apostel mit Maria den Heiligen Geist im Obergemach (lat. coenaculum) erwarteten (Apg 1,13).
Die Marianische Priesterbewegung pflegt diese Tradition, der auch Weihbischof Thomas Maria Renz angehört und der sich auch viele Laien anschließen. Dies ist eine Besonderheit im Dekanat Rottweil, dem Mariazell angehört.

Der Ort Mariazell, erstmals 1275 urkundlich erwähnt, geht auf eine Gründung des Klosters Reichenau zurück, das von hier aus die Christianisierung und Kulturarbeit durch Klosterleute im Geiste ihres Gründers Pirmin im angrenzenden Schwarzwaldgebiet vorantrieb.
Die unteren Teile des mächtigen Kirchturmes der St. Markus-Kirche gehen bis in jene Zeit zurück.
Der Name des Kirchenpatrons deutet ebenso auf eine enge Beziehung zum Kloster Reichenau hin, wo auch Reliquien des heiligen Markus verehrt werden.
Das Kloster Reichenau hatte in Mariazell „Oberlehensherrliche Rechte“.
Mariazell entwickelte sich sogar zu einem Städtchen im Spätmittelalter, das allerdings 1444 bei Kämpfen zwischen den Reichsstädten und dem Adel zerstört wurde.

Auf das massive Viereck der zwei unteren Stockwerke des Kirchturmes aus spätromanischer Zeit mit vier gewaltigen Wasserspeiern in Tiergestalten am oberen Abschluss folgen im oberen Teil des Turmes zwei achteckige Stockwerke mit je acht gotischen Maßwerkfenstern.
In das Maßwerk der unteren acht Fenster ist in Spiegelschrift je ein Buchstabe des „Ave Maria“ eingearbeitet in Anlehnung an die einst gegründete „Cella Mariae“, daraus der Ortsname „Mariazell“ hervorgegangen ist.
In den oberen Maßwerkfenstern erscheinen die Jahreszahl 1607 sowie die Initialen des Baumeisters VR und dessen Meisterzeichen. Dazu kommen gotische Fischblasenornamente und verschlungene Kreisfiguren.
Die Steinkuppel, die in der Zeit der Renaissance entstand, krönt das Bauwerk des Turmes. Acht Grate sind mit Kriechblumen geschmückt. Im oberen Turmstockwerk sind vier Glocken untergebracht.
Die letzte Renovierung des Turmes fand 1976 – 1978 statt.

Eine bildnerische Besonderheit an dieser Kirche ist ein Sandsteinrelief, ein Männerkopf auf der Ostseite der ehemaligen Sakristei, der zu den ältesten Steinbildwerken des Kreises Rottweil gehört. Es darf als sicher gelten, dass das romanische Bildwerk ursprünglich einen anderen Standort hatte, vielleicht auch Schlussstein im Gewölbe der Kirche war.